Disputam vajadzēja notikt Bādenē, bet Cvinglijs tomēr tajā nepiedalījās. Cīrihes pilsētas dome, kas nojauta katoļu plānus, ņēma vērā brīdinājumu, ko sniedza pāvestības kantonos degošie sārti, kuros sadedzināja Evaņģēlija apliecinātājus, un aizliedza savam draudzes ganam doties šajās briesmās. Cīrihē viņš bija gatavs atbildēt visiem Romas piekritējiem, lai kādus tā arī sūtītu, bet iet uz Bādeni, kur vēl nesen patiesības dēļ tika izlietas mocekļu asinis, nozīmēja doties drošā nāvē. Reformācijas aizstāvēšanai izraudzīja Ekolampadiju un Halleru, kamēr Romas pārstāvis bija ievērojamais doktors Eks, kuru atbalstīja pulks mācītu doktoru un prelātu.
Lai gan Cvinglijs konferencē nepiedalījās, viņa iespaids tomēr bija jūtams. Visus sekretārus izraudzīja pāvestības piekritēji, bet pārējiem, piedraudot ar nāvessodu, tika aizliegts izdarīt jebkādas atzīmes. Neskatoties uz to, Cvinglijs ik dienas saņēma uzticīgu atskaiti par to, kas Bādenē ticis pārrunāts. Viens no disputā klātesošajiem studentiem katru vakaru pierakstīja dienā izvirzītos argumentus. Divi citi studenti šīs ziņas kopā ar Ekolampadija ik dienas rakstītajām vēstulēm uzņēmās nogādāt Cvinglijam uz Cīrihi. Reformators atbildēja, sniedzot padomu un savus ieteikumus. Viņš vēstules rakstīja naktī, un agri no rīta studenti ar tām atgriezās Bādenē. Lai pilsētas vārtos novietotie modrie sargi viņiem nepievērstu uzmanību, šie vēstneši uz galvas nesa grozu ar mājputniem, un tā netraucēti varēja ieiet un iziet.
(183) Tā Cvinglijs cīnījās ar viltīgiem pretiniekiem. Un, kā to atzina Mikonijs, viņš "ar savām pārdomām, negulētajām naktīm un uz Bādeni nosūtītajiem padomiem strādāja vairāk, kā būtu varējis izdarīt, personīgi diskutējot savu ienaidnieku vidū".
Pāvesta piekritēji, līksmojot par gaidāmo uzvaru, uz Bādeni devās tērpti viskrāšņākajās drēbēs un izrotājušies mirdzošiem dārgakmeņiem. Viņi dzīvoja grezni, ēda pie galdiem, kas bija bagāti ar visdārgākajām delikatesēm un visizmeklētākajiem vīniem. Savas garīdznieku pienākumu nastas tie atviegloja izpriecās un dzīrēs. No tiem krasi atšķīrās reformatori, kurus tauta uzskatīja tikai nedaudz labākus par ubagiem un kas, ieturot savas pieticīgās maltītes, pie galda uzkavējās tikai īsu brīdi. Ekolampadija dzīvokļa saimnieks, kas atļāvās viņu istabā slepus novērot, vienmēr to atrada kaut ko lasot vai lūdzot Dievu, un, ārkārtīgi izbrīnījies, ziņoja, ka ķeceris esot vismaz "ļoti dievbijīgs".
Sanāksmē "Eks augstprātīgi uzkāpa koši izrotātā kancelē, bet vienkāršajam, pieticīgi ģērbtajam Ekolampadijam vajadzēja apsēsties sava pretinieka priekšā uz rupji pagatavota ķebļa". (9) Eka skaļā balss un neierobežotā pašpaļāvība to nekad nepievīla. Viņa dedzību vairoja cerība uz zeltu, kā arī uz slavu, jo ticības aizstāvim tika apsolīts prāvs atalgojums. Kad citi argumenti izrādījās nesekmīgi, viņš ķērās pie apvainojumiem un pat pie lāstiem.
Vienkāršais Ekolampadijs, kurš nemaz nepaļāvās uz sevi, sākumā no cīņas it kā vairījās un to uzsāka ar svinīgiem vārdiem: "Es neatzīstu nevienu citu sprieduma mērauklu kā tikai Dieva Vārdu." (9) Lai gan viņa izturēšanās bija lēnprātīga un pieklājīga, tomēr tas sevi atklāja kā spējīgu un nosvērtu vīru. Kamēr Romas piekritēji, kā pieraduši, atsaucās uz baznīcas ieradumu autoritāti, reformators nelokāmi palika uzticīgs Svētajiem Rakstiem. "Ieradumiem," viņš sacīja, "mūsu Šveicē nav nekāda spēka, izņemot vienīgi tos, kas atbilst konstitūcijai, bet ticības jautājumos mūsu konstitūcija ir Bībele." (9)
(184) Abu disputētāju acīmredzamais pretstats nepalika bez iespaida. Mierīgās un skaidrās, tik lēnprātīgi un vienkārši izteiktās reformatora domas valdzināja cilvēkus, tie riebumā novērsās no Eka lielīgajiem un skaļajiem apgalvojumiem.
Diskusija turpinājās astoņpadsmit dienas. Noslēgumā katoļi lielā pašpaļāvībā pieprasīja atzīt viņu uzvaru. Delegātu vairākums nostājās Romas pusē, un tiesneši reformatorus pasludināja par uzvarētiem, paziņojot, ka tie kopā ar savu vadoni Cvingliju tiek izslēgti no baznīcas. Bet sanāksmes augļi atklāja, kura puse patiesībā ieguva sev priekšrocības. Debates Bādenē jūtami veicināja protestantu lietu, un neilgi pēc tam divas ievērojamas pilsētas – Berne un Bāzele – sevi pasludināja par reformācijas piekritējām.